A pesar que la educación costarricense debería ser la misma en todo el país, las comunidades indígenas cuentan con un excepción, ya que el sistema está obligado a promover la preservación de la cultura autóctona.
Con esta finalidad el Ministerio de Educación Pública (MEP) creó una reforma al subsistema de educación indígena, el cual está dirigido a reforzar la identidad y elevar la calidad educativa entre esas comunidades.
Dentro de los cambios que se plantean están principalmente los relacionados con los objetivos, idiomas, enfoque, organización y recursos humanos, mismos que deben ir de la mano con la cultura indígena, por lo que antes de realizar cambios en los programas educativos se requiere de la consulta y participación de ellos.
Según explicó el ministro de Educación, Leonardo Garnier, si bien muchas de las políticas datan desde 1993, cuando se creó este subsistema, el mismo nunca contó con la estructura, procedimientos y mecanismos de participación claros que propiciaran el pleno cumplimento de sus objetivos.